1. はじめに¶

本書は、Schrodingerを東京工業大学学術国際情報センターの TSUBAME3 で利用する方法について説明しています。また、TSUBAME3 を利用するにあたっては、TSUBAME利用の手引きもご覧下さい。利用環境や注意事項などが詳細に記述されております。

1.1. 利用できるバージョン¶

TSUBAME3で利用可能な最新バージョンについてはTSUBAME計算サービスWebサイトのアプリケーションページをご確認下さい。
研究に支障がない限り、バグ修正の入っている最新版をご利用下さい。

1.2. 概要¶

SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEは低分子創薬向けモデリング/シミュレーションソフトウェア群です。
SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEの主なプログラムを以下に示します。赤字はインストールはされプログラム自体は存在しますが、ライセンスがないため実行できないプログラムとなります。

製品一覧

製品	説明
ADME	仮想毒性試験ツール
AutoQSAR	QSAR予測モデルの自動生成と解析ツール
BioLuminate	バイオ医薬品創出やタンパク質モデリングソフトウェア
Canvas	ケモインフォマティックス・コンピューティングの統合環境
CombiGlide	リード化合物の探索や最適化のための、コンビナトリアル分子構造生成とコアホッピングツール
ConfGen	効率的な生理活性コンフォメーション探索ソフトウェア
Core Hopping	リガンド構造やリガンド?受容体複合体構造に基づいた、リード最適化のための網羅的な母核探索ツール
CovDock	共有結合リガンドの結合ポーズ予測とドッキングスコアを算出するオールインワンのワークフローツール
Desmond	高速分子動力学シミュレーションソフトウェア
e-Pharmacophores	エネルギー的に最適化した受容体構造ベースの3Dファーマコフォア生成ツール
Epik	高速で信頼性の高いpKa予測ソフトウェア
FEP+	新規医薬品創出を目的とした高性能な自由エネルギー摂動計算ソフトウェア
Field-Based QSAR	リガンド構造に基づいた定量的構造活性相関による新規リード化合物探索、最適化ツール
Glide	リガンド-受容体ドッキングソフトウェア
Impact	Glideにて利用されるMD計算ツール
Induced Fit	受容体活性サイト内のインデュースドフィット（誘導適合）を考慮した、正確で高速なドッキング手法
Jaguar	高速ab initio量子化学計算パッケージ
KNIME Extensions	ワークフロー自動化とデータ解析を簡単に行うための、柔軟な設定が可能で多彩なモジュールを持つフレームワーク
LigPrep	さまざまな用途で利用可能な正確な3D分子モデル生成ツール
MacroModel	多様な研究に対応するフル機能を備えた分子モデリングプログラム
Maestro	汎用分子モデリング環境
MMLIBS	Maestroなどで利用されるライブラリ群
OPLS	高精度力場
Phase	リガンド構造に基づいたドラッグデザインのための高性能プログラム
PLDB	高い拡張性を持った、タンパク質の三次元構造およびタンパク質?リガンド相互作用のデータベース
Prime	高精度タンパク質構造予測プログラムパッケージ
PrimeX	正確なタンパク質結晶構造リファインメントを行う包括的なパッケージ
Protein Preparation Wizard	シミュレーションに適したタンパク質構造の調整を行い、信頼性の高いall-atomのモデル構造を作成するための使いやすいツール
QikProp	医薬品候補化合物探索のための高速ADME特性予測
QM-Polarized Docking	Glideの性能とQSiteの正確性を組み合わせた、新しい研究のソリューション
QSite	高速QM/MMプログラム
Shape Screening	分子形状に基づき構造の重ね合わせと類似性検索を行う、高速で効率的なツール
SiteMap	精度と高速性を兼ね備えた実用的なリガンド?受容体結合部位の同定ツール
WaterMap	タンパク質のリガンド結合サイトにおける水和構造と、その水分子のエネルギー的な特性の予測ツール

1.3. マニュアル¶

Maestro起動後にHELP>HELPより確認したい項目のマニュアルを参照ください。