2. SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEの使用方法¶
2.1. SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEの利用の流れ¶
SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEを利用する場合は大きく分けて、Maestro、Canvas、Knimeのいずれかの統合環境を利用して計算を行う場合とコマンドラインで直接、各種計算プログラムを叩く場合の2種類がございます。
また、統合環境を利用する場合は、TSUBAME3にインストールされたものを利用する場合と、クライアント側にインストールを行い、計算をクライアント側で行う、もしくは計算のみTSUBAME3または研究室内の計算サーバに投入する場合が考えられます。
接続設定の詳細はインストール手順書に記載しておりますのでご確認ください。
本書ではライセンス数の多いMaestroを利用した利用方法とコマンドラインでの投入についてご説明します。
2.2. SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEのコマンドライン実行¶
2.2.1. インタラクティブ実行¶
ログイン方法を参考にログインノードにログイン後、インタラクティブノードを利用したX転送を参考にノードをX転送付きで確保して下さい。 以下以降の例では、全て計算ノードにログインした状態で行います。
2.2.1.1. CUIでの実行¶
以下はあくまでもコマンドサンプルです。実際の計算には入力ファイルが必要となります。
Ligprepのインタラクティブ処理を以下に示します。
$ cd <利用したいディレクトリ>
SMILES形式の入力ファイルを使用し，MAE形式で出力する場合
$ ligprep -ismi<入力ファイル> -omae<出力ファイル>
2.2.1.2. GUIでの実行¶
GUIの場合は以下の方法で実施してください。
コマンド実行例
例では2時間接続で、割り当てノードとしてr0i0n0が割り当てられた場合を想定しております。
割り当てノードはコマンド実行時に空いているノードですので、明示的にノードを指定することはできません。
#qrshの実行
$ qrsh -g [TSUBAMEグループ] -l f_node=1 -l h_rt=2:00:00
Thu Sep 21 08:17:19 JST 2017
r0i0n0:~>
r0i0n0:~> . /etc/profile.d/modules.sh
r0i0n0:~> module load schrodinger/Feb-17
r0i0n0:~> maestro
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Maestro Molecular Modeling Interface
Maestro is a product of Schrodinger, Inc.
Legal notices can be viewed by clicking Help->About Maestro
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maestroの起動画面
エラーが発生する場合は-hオプションを付けて実行し、表示されるヘルプを見て、環境に合わせた実行を行ってください。
maestroの画面
メニューバーの File > Quit をクリックすると終了します。
2.2.2. バッチジョブスケジューラーUGEによる実行¶
以下はあくまでもコマンドサンプルです。実際の計算には入力ファイルが必要となります。
スクリプト例：Ligprep
#!/bin/bash
#プライオリティ
#$ -p -5
#実行ディレクトリ：カレントディレクトリ
#$ -cwd
#$ -N sc_serial_test_job #job名
#送信先メールアドレス
#$ -M ambertest[at]o.cc.titech.ac.jp
#エラーメッセージファイル名、設定なしだとスクリプト.e.JOBID
#$ -e uge.err
#標準出力ファイル名、設定なしだとスクリプト.o.JOBID
#$ -o uge.out
#*必須：資源タイプの指定
#$ -l q_core=1
#*必須：時間指定
#$ -l h_rt=0:10:00
#$ -V
#モジュールの呼び出し
. /etc/profile.d/modules.sh
module load schrodinger/Feb-17
# ligprepの実行
# Maestroで作成したSMILES形式の構造ファイルとしてtest.msi、出力をSDF形式、ファイル名をtest_ugeout4.sdfとするligprep計算の例
# 計算ごとの対応形式については1.3より詳細をご確認ください。
ligprep -ismi test.smi -omae test_ugeout4.sdf -TMPDIR $TMPDIR
2.2.3. ライセンス数¶
ライセンス数や利用状況については下記コマンドで確認してください。
$ lmutil lmstat -S SCHROD -c 27010@lice0:27010@remote:27010@t3ldap1
現在契約しているライセンス数については下記のページをご確認ください。