6. TCP Linda Gaussian

6.1. TCP Linda Gaussian概要

Gaussianの並列実現方法は2つあり、並列ライブラリTCP Lindaを利用して、分散メモリ並列による方法がTCP Linda Gaussianと呼ばれ、ノード内ノード間共に並列化できます。 ただしLindaで並列可能な計算は下記のもののみとなり、系によっては高速化が望めず、1ノードでの計算結果と変わらない場合があります。

リンク 概要
l106.exel 分極率および超分極率を得るための力および双極子の数値微分
l302.exel 重なり積分、運動および位置の積分の計算
l401.exel 初期MO係数 (guess) の生成
l502.exel SCF方程式の繰り返し計算 (conventional UHF、ROHF、すべてのDirect法、SCRF)
l506.exel ROHFやGVB-PP計算の実行
l508.exel 二次的な収束SCFプログラム
l510.exel MC-SCF
l602.exel 1電子プロパティ (ポテンシャル、電場、電場の勾配)
l701.exel 1電子積分の一次または二次微分
l703.exel 2電子積分の一次または二次微分 (spdf)
l906.exel セミダイレクトMP2
l913.exel ポストSCFエネルギーとその勾配項の計算
l914.exel CIS、RPA、ZIndo励起状態とSCF安定性
l1002.exel CPHF方程式の繰り返し計算とNMRを含む様々なプロパティの計算
l1014.exel CI-Singlesの二次微分
l1101.exel 1電子積分の導関数計算
l1110.exel F(x)に対する2電子積分の微分の寄与
l1112.exel MP2の2次微分

6.2. Gaussian Lindaの実行

Lindaは資源タイプf_nodeを指定する場合のみ利用可能です。 Lindaに対応したモジュールファイルを読み込み、インプットファイルのLink0コマンド%lindaworkersを以下の形式で記述し実行します。

%lindaworkers=hostname1,hostname2,…

バッチジョブ投入を行う場合は、バッチスクリプト内でsedawkを利用して$PE_HOSTFILEをパースする必要があります。
以下に例を示します。

$ echo "%lindaworkers=$(echo `cat $PE_HOSTFILE | awk '{print $1}' | tr '\n' ',' | sed -e 's/,$/\n/g'`)" >> ${INPUT}

$ cat ${INPUT}
...
%lindaworkers=r4i2n4,r1i5n3
...