付録. 新旧TSUBAME比較¶

付録.1. システム概要比較¶

T3/T4のシステム概要比較

T3/T4の計算ノード比較

	TSUBAME3.0	TSUBAME4.0
演算部名	計算ノード HPE SGI ICE-XA 540台	計算ノード HPE Cray XD665 240台
ノード構成（１台あたり）
CPU	Intel Xeon E5-2680 v4 2.4GHz × 2 Socket	AMD EPYC 9654 2.4GHz × 2 Socket
コア数/スレッド	14コア / 28スレッド×2CPU	96コア / 192スレッド×2CPU
メモリ	256GiB	768GiB (DDR5-4800)
GPU	NVIDIA TESLA P100 for NVlink-Optimized Servers ×4	NVIDIA H100 SXM5 94GB HBM2e × 4
SSD	2TB	1.92TB NVMe U.2 SSD
インターコネクト	Intel Omni-Path HFI 100Gbps ×4	InfiniBand NDR200 200Gbps × 4

T3/T4のソフトウェア比較

T3/T4の比較

	TSUBAME3.0 (2023.4.6 現在)	TSUBAME4.0
OS	SUSE Linux Enterprise Server 12 SP5	RedHat Enterprise Linux Server 9.3
ジョブスケジューラ	Univa Grid Engine 8.6.11	Altair Grid Engine 2023.1.1
コンパイラ	GCC 4.8.5, 12.2.0 Intel Compiler 23.0.0 NVIDIA HPC SDK 22.2	GCC 11.4.1 Intel oneAPI compiler 2024.0 and MKL NVIDIA HPC SDK 24.1 AOCC 4.1.0
MPI	Intel MPI 21.8.0 SGI MPT 2.16 OpenMPI 3.1.4	Intel MPI 2021.11 OpeMPI 5.0.2
CUDAライブラリ	11.0.3 (12.1.0利用可)	12.3.2
CUDAドライバ	450.172.01	545.23.08
OmniPathドライバ(OPA)	10.10.3.1.1
InfiniBandドライバ(OFED)		23.10-1.1.9

T3/T4の商用アプリケーション比較

ソフトウェア名	概要	TSUBAME3.0	TSUBAME4.0
ANSYS	解析ソフトウェア	○	○
ABAQUS	解析ソフトウェア	○	○
ABACUS CAE	解析ソフトウェア	○	○
MSC Nastran	解析ソフトウェア	○
MSC Patran	解析ソフトウェア	○
Gaussian	量子化学計算プログラム	○	○
GaussView	量子化学計算プログラムプリポストツール	○	○
AMBER	分子動力学計算プログラム	○	○
Materials Studio	化学シミュレーションソフトウェア	○	○
Discovery Studio	化学シミュレーションソフトウェア	○	○
Mathematica	数式処理ソフトウェア	○	○
Maple	数式処理ソフトウェア	○
AVS/Express	可視化ソフトウェア	○
AVS/Express PCE	可視化ソフトウェア	○
LS-DYNA	解析ソフトウェア	○	○ ※ANSYSに含む
COMSOL	解析ソフトウェア	○	○
Schrodinger	化学シミュレーションソフトウェア	○	○
MATLAB	数値計算ソフトウェア	○	○
VASP	量子分子動力学計算プログラム	○	○
Linaro forge(旧:Arm Forge)	デバッガ	○	○
Intel Compiler	コンパイラ	○	○ ※oneAPIに含む
PGI Compiler	コンパイラ	○	○ ※NVIDIA HPC SDKに含む

T3/T4のフリーウェア比較

ソフトウェア名	概要	TSUBAME3.0	TSUBAME4.0
GAMESS	ソルバ・シミュレータ	○	○
Tinker	ソルバ・シミュレータ	○	○
GROMACS	ソルバ・シミュレータ	○	○
LAMMPS	ソルバ・シミュレータ	○	○
NAMMD	ソルバ・シミュレータ	○	○
QUANTUM ESPRESSO	ソルバ・シミュレータ	○	○
CP2K	ソルバ・シミュレータ	○	○
OpenFOAM	ソルバ・シミュレータ、可視化	○	○
CuDNN	GPUライブラリ	○	○
NCCL	GPUライブラリ	○	○
Caffe	DeepLearningフレームワーク	○
Chainer	DeepLearningフレームワーク	○
TensorFlow	DeepLearningフレームワーク	○	○
DeePMD-kit	MD用DeepLearningフレームワーク	○	○
R	インタプリタ(Rmpi,rpudに対応)	○	○
clang	コンパイラ	○	○ ※AOCC
Apache Hadoop	分散データ処理ツール	○	○
POV-Ray	可視化	○	○
ParaView	可視化	○	○
VisIt	可視化	○	○
turbovnc	リモートGUI(X11) 表示	○	○
gnuplot	データ可視化	○	○
Tgif	画像表示・編集	○	○
GIMP	画像表示・編集	○	○
ImageMagick	画像表示・編集	○	○
TeX Live	TeX ディストリビューション	○	○
Java SDK	開発環境	○	○
PETSc	リニアシステムソルバ、ライブラリ	○	○
FFTW	高速フーリエ変換ライブラリ	○	○
DMTCP	チェックポイント・リスタート	○	○
Singularity	Linux container for HPC	○	○ ※Apptainer
Open OnDemand	HPC向けWebポータル		○

T3/T4のストレージ比較

用途	マウント	容量	ファイルシステム
ホームディレクトリ共有アプリケーション配備	/home /apps	40TB	GPFS+cNFS
高速ストレージ領域1	/gs/hs0	4.8PB	Lustre
高速ストレージ領域2	/gs/hs1	4.8PB	Lustre
高速ストレージ領域3	/gs/hs2	4.8PB	Lustre
ローカルスクラッチ領域	/scr	各ノード1.9TB	xfs (SSD)
共有スクラッチ領域	/beeond	計算ノード依存	BeeGFS

用途	マウント	容量	ファイルシステム
高速ストレージ領域ホームディレクトリ	/gs/fs /home	372TB	Lustre
大容量ストレージ領域共有アプリケーション配備ワークディレクトリ	/gs/bs /apps /work	44.2PB	Lustre
ローカルスクラッチ領域	/local	各ノード1.62TiB	xfs（SSD)