1. はじめに¶
本書は、SchrodingerをTSUBAME4.0 で利用する方法について説明しています。
また、TSUBAME4.0 を利用するにあたっては、TSUBAME4.0利用の手引きもご覧下さい。
利用環境や注意事項などが詳細に記述されております。
Info
Schrodingerは有償アプリケーションのため、学内利用者のみ使用可能です。
Schrodingerの利用には別途アプリケーション利用料が必要になります。
詳細は利用料の概略のアプリケーション (TSUBAME4.0で一部有償化)をご覧下さい。
商用アプリケーションの学内利用に際し、ライセンスの利用制限を設けております。ライセンスを占有しないようご協力ください。
ライセンスの占有・長時間利用を確認した場合、予告なくライセンス利用を停止することがあります。
詳細についてはライセンスの制限内のライセンス数の制限についてをご参照ください。
1.1. 利用できるバージョン¶
TSUBAME4.0で利用可能な最新バージョンについてはTSUBAME計算サービスWebサイトの サポートされているアプリケーション ページをご確認下さい。
研究に支障がない限り、バグ修正の入っている最新版をご利用下さい。
1.2. 概要¶
SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEは低分子創薬向けモデリング/シミュレーションソフトウェア群です。
SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEの主なプログラムを以下に示します。
赤字はインストールはされプログラム自体は存在しますが、ライセンスがないため実行できないプログラムとなります。
製品一覧
| 製品 | 説明 |
|---|---|
| ADME | 仮想毒性試験ツール |
| AutoQSAR | QSAR予測モデルの自動生成と解析ツール |
| BioLuminate | バイオ医薬品創出やタンパク質モデリングソフトウェア |
| Canvas | ケモインフォマティックス・コンピューティングの統合環境 |
| CombiGlide | リード化合物の探索や最適化のための、コンビナトリアル分子構造生成とコアホッピングツール |
| ConfGen | 効率的な生理活性コンフォメーション探索ソフトウェア |
| Core Hopping | リガンド構造やリガンド?受容体複合体構造に基づいた、リード最適化のための網羅的な母核探索ツール |
| CovDock | 共有結合リガンドの結合ポーズ予測とドッキングスコアを算出するオールインワンのワークフローツール |
| Desmond | 高速分子動力学シミュレーションソフトウェア |
| e-Pharmacophores | エネルギー的に最適化した受容体構造ベースの3Dファーマコフォア生成ツール |
| Epik | 高速で信頼性の高いpKa予測ソフトウェア |
| FEP+ | 新規医薬品創出を目的とした高性能な自由エネルギー摂動計算ソフトウェア |
| Field-Based QSAR | リガンド構造に基づいた定量的構造活性相関による新規リード化合物探索、最適化ツール |
| Glide | リガンド-受容体ドッキングソフトウェア |
| Impact | Glideにて利用されるMD計算ツール |
| Induced Fit | 受容体活性サイト内のインデュースドフィット（誘導適合）を考慮した、正確で高速なドッキング手法 |
| Jaguar | 高速ab initio量子化学計算パッケージ |
| KNIME Extensions | ワークフロー自動化とデータ解析を簡単に行うための、柔軟な設定が可能で多彩なモジュールを持つフレームワーク |
| LigPrep | さまざまな用途で利用可能な正確な3D分子モデル生成ツール |
| MacroModel | 多様な研究に対応するフル機能を備えた分子モデリングプログラム |
| Maestro | 汎用分子モデリング環境 |
| MMLIBS | Maestroなどで利用されるライブラリ群 |
| OPLS | 高精度力場 |
| Phase | リガンド構造に基づいたドラッグデザインのための高性能プログラム |
| PLDB | 高い拡張性を持った、タンパク質の三次元構造およびタンパク質?リガンド相互作用のデータベース |
| Prime | 高精度タンパク質構造予測プログラムパッケージ |
| PrimeX | 正確なタンパク質結晶構造リファインメントを行う包括的なパッケージ |
| Protein Preparation Wizard | シミュレーションに適したタンパク質構造の調整を行い、信頼性の高いall-atomのモデル構造を作成するための使いやすいツール |
| QikProp | 医薬品候補化合物探索のための高速ADME特性予測 |
| QM-Polarized Docking | Glideの性能とQSiteの正確性を組み合わせた、新しい研究のソリューション |
| QSite | 高速QM/MMプログラム |
| Shape Screening | 分子形状に基づき構造の重ね合わせと類似性検索を行う、高速で効率的なツール |
| SiteMap | 精度と高速性を兼ね備えた実用的なリガンド?受容体結合部位の同定ツール |
| WaterMap | タンパク質のリガンド結合サイトにおける水和構造と、その水分子のエネルギー的な特性の予測ツール |
1.3. マニュアル¶
Maestro起動後にHELP>HELPより確認したい項目のマニュアルを参照ください。
1.4. Product Licenses and Token Usage for Schrodinger Release¶
2025年3月時点での"Product Licenses and Token Usage for Schrodinger Release"については以下の表を参照してください。 (For “Product Licenses and Token Usage for Schrodinger Release” as of March 2025, please refer to the table below.)
Info
TSUBAME4で利用可能なトークン数は以下の通りです。(The number of Tokens available in TSUBAME4 is as follows:)
汎用トークン(General-purpose tokens) : 10
Glide専用トークン(Glide-specific tokens) : 2
Warning
TSUBAME4では利用できない機能も含まれています。( Some features are not available in TSUBAME4. )
Description of Keyword
| Keyword | Description |
|---|---|
| Product Dependencies | A selection of products utilize the functionalities of separate products for full featured job execution. |
| Tokens | The number of tokens simultaneously used during the course of execution on one processor/core. Select job types may utilize fewer tokens. |
| Workflows | The number of tokens simultaneously used during the course of execution on one processor/core. Select job types may utilize fewer tokens. |
| ** | Access license |
| # | Also available as an access license |
| † | Note: 24 cores minimum are recommended for this workflow |
| ~ | Standard mode requires 5 tokens and fast mode requires 10 tokens. |
| ^ | Also included with Maestro access license |
Product Licenses and Token Usage for Schrodinger Release
| Product Dependencies | Tokens |
|---|---|
| Maestro | ** |
| (Deep)AutoQSAR# | 2 |
| Canvas | 1 |
| ConfGen | 1 |
| Core Hopping Shape Screening |
5 |
| Epik | 1 |
| Field-based QSAR | 5 |
| Glide | 5 |
| Glide, SMILES input (optional, recommended) | 5 |
| Jaguar NBO 7 (optional, recommended) |
2 |
| Jaguar pKa Jaguar (required) MacroModel (optional, recommended) |
3 |
| Jaguar Spectroscopy Jaguar (required) |
1 |
| KNIME | ** |
| LigPrep | 1 |
| MacroModel | 2 |
| Membrane Permeability Epik (required) LigPrep (required) Prime (required) QikProp (required) |
8 |
| OPLS/FF Bundle | ** |
| P450 Site-of-Metabolism (SOM) Prime (required) Glide (required) |
8 |
| Phenix/OPLS Prime (required) Phenix (third party) |
8 |
| Phase Epik (required) LigPrep (required) MacroModel (optional, recommended) |
5 |
| Prime | 8 |
| Prime MM-GBSA Prime (required) |
8 |
| PrimeX Epik (optional, recommended) |
8 |
| QikProp | 2 |
| QSite Jaguar (required) |
4 |
| Shape Screening | |
| CPU | 1 |
| GPU | 8 |
| SiteMap | 1 |
| Covalent Docking ConfGen (required) Glide (required) MacroModel (required) Prime (required) |
8 |
| e-Pharmacophores Phase (required) |
5 |
| E-sol† Jaguar (required) MacroModel (required) Epik (required) OPLS (optional, recommended) |
2 |
| Glide EM Glide (required) Jaguar (optional, recommended) Prime (optional, recommended) PrimeX (required) |
8 |
| Glide WS Glide (required) WaterMap (required) |
5 |
| Induced Fit Docking Prime (required) |
8 |
| Ligand Designer~ Core Hopping (optional, recommended) Glide (required) Phase (required) Prime (optional, recommended) FPsim-GPU (optional, recommended) LigPrep (optional, recommended) |
5/10 |
| Macrocycle Docking Glide (required) LigPrep (required) Prime (required) |
8 |
| Macrocycle Permeability Membrane Permeability (required) Prime (required) |
8 |
| Macrocycle Sampling Prime (required) |
8 |
| Macrocycle Stability Prime (required) |
8 |
| PathFinder^ | |
| Protein Preparation Workflow Epik (optional, recommended) Prime (optional, recommended) |
1 |
| QM-Polarized Ligand Docking (QPLD) | 5 |
| Virtual Screening (VSW) Glide LigPrep Epik (optional, recommended) MacroModel (optional, recommended) Prime (optional, recommended) QikProp (optional, recommended) |
5 |