一般¶

Info

本ページのコマンドライン例では、以下の表記を使用します。
[login]$ : ログインノード
[rNnN]$ : 計算ノード
[login/rNnN]$ : ログインノードまたは計算ノード
[yourPC]$ : ログインノードへの接続元環境

TSUBAME4.0とは何ですか¶

TSUBAME4.0は東京科学大学情報基盤センター(CII)が運用管理するスーパーコンピュータです。
TSUBAME4.0 は半精度以上で 952 PFlops の理論演算性能を持ち，従来型 HPC に加えてビッグデータ・ AI など幅広いワークロードを処理する日本最大級のスパコンとなります。

TSUBAMEはどのような目的に利用できますか¶

TSUBAMEの利用は教育・研究・事務・社会貢献目的に限ります。私的な金銭的利益に直結するような用途に利用することはできません。

TSUBAME4.0を利用するための条件を教えてください。¶

TSUBAME4.0の利用にはアカウントが必要です。
アカウントの種別は所属や利用する制度によって異なりますので、詳細についてはアカウント取得方法をご参照ください。

TSUBAME4.0利用までの流れについて¶

ここでいう「利用」はプログラムの実行のことを指します。

TSUBAME4.0を利用するまでに必要な主な作業は以下の通りです。
ログインだけであれば、2までの作業が完了すればログイン可能です。
利用には5までの作業が必要となります。
利用にあたって、25GiB以上のディレクトリの割り当てが必要な場合は6を行う必要があります。

TSUBAMEを利用した論文での謝辞の記載方法を教えてください¶

謝辞の記載方法の文例は下記のページをご参照ください。
あくまでも例示ですので、他のスパコンや研究資金等の謝辞記載に合わせて記載を調整いただいても構いません。

TSUBAMEを利用した成果発表への謝辞記載のお願い

また、TSUBAMEの活用状況を把握するため、TSUBAMEポータルから書誌情報などの利用成果報告もお願いいたします。利用報告の投稿方法は、下記利用の手引きをご覧ください。

TSUBAMEポータル利用の手引き利用報告の管理

ログインノードと計算ノードの相違点¶

ログインノードと計算ノードの相違点は以下のとおりです。

	ログインノード	計算ノード
ノード数	2	240
CPU	AMD EPYC 7443 24-Core/2.85GHz x 2	AMD EPYC 9654 96-Core/2.4GHz x 2
メモリ	256GiB	768GiB
GPU	なし	NVIDIA H100 SXM5 × 4
ローカルストレージ	なし	1.92TB

ログインノードは、共有サーバであるため、CPUやメモリを過度に占有するプログラムの実行などは行わないようお願いします。
詳細は利用の手引きをご参照ください。

初心者なのですが、何をすればよいのかわかりません¶

何に対する初心者なのかによって学習して頂く内容が異なります。

UNIX/Linuxの初心者の方

TSUBAME4の利用に際して、ユーザにはUNIX/Linuxの習熟度を要求しております。
UNIX/Linuxについてある程度のことがわかっている前提で、手引書などは準備されております。

手引書の内容がわからない場合は、付属図書館等でUNIX/Linuxの入門図書を読んでいただき、シェルやコマンド等の使い方を把握して下さい。

Info

講習会等のテキストに掲載されている「TSUBAME利用法入門編(Linux基礎) 」、 P34「ファイル操作」～P70「moduleコマンドについて」に書かれた内容を理解・実践できる程度の習熟度を想定しています。

UNIX/Linuxの操作ならびに関連する用語を把握したあとに次の項目もご確認下さい。

共用計算機(スパコン)の初心者の方

UNIX/Linuxを利用したことがあるが、TSUBAME4.0を含めたスパコンの利用経験がない方を想定します。

TSUBAME4.0へのログイン方法がわからない
TSUBAME4.0へのリモートログインには、基本的にSSHの公開鍵認証方式を使用します。「リモートログイン」「SSH鍵認証」などについては講習会等のテキストに掲載されている「TSUBAME利用法入門編(Linux基礎) 」、P21「ログイン」～P33「Tips」をご一読ください。
また、ターミナルソフト PuTTy を利用したSSH接続の手順についても紹介しています。PuTTY・MobaXtermでのSSH鍵ペアの作成方法およびPuTTYを利用した、TSUBAME4.0へのログイン方法を知りたいをご参照ください。
なお、TSUBAME4.0ではWebブラウザベースでスーパーコンピューターを気軽に利用できるOpen OnDemandも用意しています。詳細についてはOpen OnDemandの利用の手引きをご参照ください。
TSUBAME4.0で計算処理を行う方法がわからない
TSUBAME4.0では、ジョブスケジューラと呼ばれるシステムを利用して計算ノード上で処理を実施します。ジョブスケジューラの概念については、講習会等のテキストに掲載されている「TSUBAME4.0利用者ガイダンス」、 P39「TSUBAME4.0におけるジョブ投入」～P50「計算ノードの予約利用」をご一読ください。
詳細な使い方については、TSUBAME4.0利用の手引きのジョブスケジューリングシステムをご確認下さい。

併せて、講習会等のテキストに掲載されている「TSUBAME4.0利用者ガイダンス」もご参照ください。
共用計算機(スパコン)に関連する知識を把握したあとに次の項目もご確認下さい。

TSUBAME4.0の初心者の方

TSUBAME4.0以外のスパコン利用経験がある方を想定します。

TSUBAME3.0の利用経験がある方
TSUBAME3.0の既存ユーザの方は、こちらにTSUBAME4.0の違いをまとめてありますので、ご覧下さい。TSUBAME3.0からTSUBAME4.0への移行
また、講習会等のテキストに掲載されている「TSUBAME4.0利用者ガイダンス」も参考になるかと思います。
TSUBAME以外のスパコン利用経験がある方
TSUBAME4.0 独自の仕様・ルールなど最低限必要な情報をクイックスタートガイドに纏めています。制限事項などもありますので、ご利用前にご一読ください。

コンパイラ初心者の方

UNIX/Linuxを利用したことがあるが、コマンドラインによるコンパイラを利用したことがない方などを想定します。
利用するコンパイラに合わせて、利用手引きのIntelコンパイラ,NVIDIA HPC SDK,AOCCのいずれかをご確認下さい。
また、Intelコンパイラを利用される方は講習会等のテキストに掲載されている「並列プログラミング」も参考になるかと思います。

並列プログラミング(OpenMP,MPI)初心者の方

講習会等のテキストに掲載されている「並列プログラミング」が参考になるかと思います。

GPUプログラミングの初心者の方

TSUBAME4.0では定期的に利用講習会を実施しております。講習会のページをご確認下さい。
また、講習会等のテキストに掲載されている「GPUプログラミング」「GPUプログラミング・ハンズオン」も参考になるかと思います。

商用アプリケーションの初心者の方

TSUBAME4.0では定期的に利用講習会を実施しております。講習会のページをご確認下さい。

Linuxのよくあるエラーについて¶

ここではLinuxのよくあるエラーについてのFAQを記載しております。記載しているコマンドの詳細な利用方法については各自、manコマンド等で確認してください。

No such file or directory¶

必要とされるファイルもしくはディレクトリがありません。
存在しないファイル、ディレクトリ名などを指定する、タイポするなどパス指定を間違った場合等に発生します。
また、アプリケーションによっては改行コードが Windows の CR+LF の場合に発生する場合もあります。

対策

ファイル、ディレクトリ名をよく見直してください。
また改行コードの修正についてはFAQ「ジョブステータスが「Eqw」となり実行されない。」の1をご確認ください。

関連して以下のようなエラーもあります。

error while loading shared libraries: ****.so: cannot open shared object file:  No such file or directory

これはプログラムが必要とするライブラリが無いもしくは読み込めない場合等に発生するエラーです。

対策

プログラムにライブラリパスが通っているかをlddコマンドなどで確認してください。
環境変数LD_LIBRARY_PATHを設定する、コンパイル時にライブラリを指定するなどの対策があります。

command not found¶

入力したコマンドがありません。
実行したいプログラムの種別ごとに以下の確認を実施してください。

商用アプリケーションの場合
- アプリケーションの購入手続きが行われていない可能性があります。以下のFAQをご参照ください。
  - 商用アプリケーション（Mathematica, Gaussianなど）が動作しません。コマンドが見つかりません。
  - 商用アプリケーションを購入しましたが、アプリケーションが利用出来ません。
- moduleコマンドを実行していない可能性があります。必要な module を load してください。
フリーウェアの場合
- moduleコマンドを実行していない可能性があります。必要な module を load してください。
自分でインストールしたプログラムなどの場合
- 環境変数PATHの設定が正しく行われていない可能性があります。
  echo $PATH コマンドで必要なコマンドがあるディレクトリのパスが通っているか確認し、パスが通っていなければ設定してください。

ホームディレクトリ($HOME)直下のhogeディレクトリを既存のPATH環境変数に追加する場合の例

[login/rNnN]$ export PATH=~/hoge:$PATH

Permission denied¶

実行しようとした操作の権限がありません。
Linuxはファイル・ディレクトリ単位でユーザならびにグループ単位の権限設定がされています。
読み込み、書き込み、実行しようとした対象ファイル、ディレクトリの権限を以下のコマンドで確認してください。

(例はhogeファイルを確認する場合)

[login/rNnN]$ ls -l hoge

対策
システムディレクトリである/appや/libなどにファイルを作成しようとした場合等はユーザディレクトリに作成するようにしてください。
グループディスクなどのユーザディレクトリで発生する場合は権限を確認してください。

Disk quota exceeded¶

FAQ「"Disk quota exceeded" というエラーが出力される」をご確認ください。

Out Of Memory¶

メモリが不足した場合に発生するエラーです。
対策

資源タイプをよりメモリ容量が多いものに変更する。
mpiなどでノードあたりのメモリ使用量を分割する。

関連FAQ「結果ファイルのエラーメッセージについて」

エラー関連URL¶

計算ノード用ゲートウェイサーバのIPアドレスについて (TSUBAME外ライセンスサーバへの接続など)¶

計算ノード用ゲートウェイサーバのIPアドレス範囲は以下の通りとなっております。

131.112.133.241, 131.112.133.242

学内・学外のライセンスサーバを利用してTSUBAME上で計算を行う場合は上記範囲の通信を許可するように設定ください。

なお、上記アドレスは運用の都合により予告なく変更される可能性がありますのでご注意ください。

TSUBAME外(研究室など)のライセンスサーバ等への疎通を必要とするソフトウェアが動作しない場合は、お問い合わせの前にTSUBAME外かつライセンスサーバ外のネットワークから、当該ライセンスサーバと通信ができることを確認してから、以下の情報を添えてご連絡ください。

ライセンスサーバのグローバルIPアドレス
ライセンスサーバのポート番号 (複数ある場合は全て)
疎通試験を行ったホストのIPアドレス

TSUBAMEの写真などを外部公開する資料に掲載したい¶

東京科学大の教職員向けにはBox(学内のみ)にて素材を提供しております。下記の提供条件の範囲の利用であれば、事前に許諾を得る必要はございません。

Webサイトでの利用、印刷物での利用とも、Copyright等の表示は不要です。
TSUBAMEを利用した研究と関係するコンテキストでの使用に限ります。
共同研究の相手方に使用させる場合も、東京科学大の教職員がダウンロードし、利用条件を遵守させてください。
東京科学大の教職員以外による2次再配布は禁止させていただきます。

共同利用などの学外者向けプログラムの利用者や、上記Boxにない素材を希望する場合は、個別にお問い合わせください。

上記素材の利用の際には、問い合わせフォームより利用した旨をご報告いただけますと幸いです。

なお、東京科学大学のロゴを含む他の素材はScience Tokyo Stock(学内のみ)にて提供されております。これらの利用につきましては、広報課の規定を遵守してください。

TSUBAME上でcronなどを利用して定期的に処理を実行したい。¶

TSUBAME4.0ではcron機能の利用を禁止しております。crontab等を設定してもエラーとなりますのでご留意ください。
TSUBAME4のログインノードは多数のユーザで共有されており、定期的なプログラムの実行を許容しておりません。

私費(個人利用)でTSUBAMEを使うことはできますか¶

私費でTSUBAME利用料を支払う方法はありません。また、学外利用者向けの有償利用であるTSUBAME共同利用サービスは大学/研究機関/企業など法人からのみ申請を受け付けており、個人からの利用申請は受け付けておりません。
条件を満たす場合、以下の制度を利用できますのでご検討ください。

東京科学大学に所属している場合¶

インタラクティブ専用キューまたは、Open OnDemandのInteractive Apps(インタラクティブジョブ専用キュー)を無料で利用可能です。複数ユーザでの共有利用となりますが、1/2 GPUを利用することができますので、対話型プログラム(デバッガや可視化ツール、Jupyter Lab等)などであれば、こちらをご利用ください。

大学院生の場合¶

東京科学大学の大学院生のうち（学振などで）学内予算を持っている方は、その予算からTSUBAME4.0の利用料を支払うことができます。
TSUBAME若手・女性利用者支援制度という大学院生を含む40歳未満（女性は年齢不問）の利用者が無償で利用可能な制度がありますので、申請をご検討ください。

高校生/高専生/大学学部生の場合¶

TSUBAMEより若い世代の利用者支援制度という高校生/高専生/大学生を対象として無償で利用可能な制度がありますので、申請をご検討ください。

在学延長・進学などに伴い理工学系ICカードの有効期限が切れた場合の対応¶

在学延長・進学などで理工学系ICカードの有効期限が切れた場合に必要な手続き・注意点は以下の通りです。

有効期限切れまでにICカードの再発行手続きが完了していた場合
引き続き、TSUBAME4を利用可能です。

有効期限が切れた状態で、ICカードの再発行手続きが完了していない場合
ICカードの再発行手続き、および理工学系ICカード更新後のTSUBAMEアカウント有効化手続きが完了するまでTSUBAME4を利用出来ません。
ホームディレクトリ・ワークディレクトリは直ちに消去されることはありませんが、長期に渡り再発行されない場合はデータが消去される可能性があります。
グループディスクは該当グループによる管理となるため、アカウント停止の影響を受けません。

有効期限が切れた後に、ICカードの再発行手続きが完了した場合
理工学系ICカード更新後のTSUBAMEアカウント有効化手続きを実施することで、TSUBAME4の利用が再開されます。
利用再開時は、以前のアカウントをそのまま使用します。

理工学系ICカード更新後のTSUBAMEアカウント有効化手続き¶

東京科学大学理工学系ICカードの有効期限満了に伴いカードが再発行された場合、東京科学大学理工学系ポータルにログイン後、「各種情報サービス」-「TSUBAME4 ポータル」からTSUBAMEポータルページにログインすることでアカウントが有効化されます。
アカウント有効化後はTSUBAMEポータルページに直接ログイン可能です。