1. はじめに

本書は、Schrodingerを東京工業大学学術国際情報センターの TSUBAME3 で利用する方法について説明しています。 また、TSUBAME3 を利用するにあたっては、TSUBAME利用の手引きもご覧下さい。 利用環境や注意事項などが詳細に記述されております。

1.1. 利用できるバージョン

TSUBAME3で利用可能な最新バージョンについてはTSUBAME計算サービスWebサイトの アプリケーション ページをご確認下さい。
研究に支障がない限り、バグ修正の入っている最新版をご利用下さい。

1.2. 概要

SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEは低分子創薬向けモデリング/シミュレーションソフトウェア群です。
SMALL-MOLECULE DRUG DISCOVERY SUITEの主なプログラムを以下に示します。 赤字はインストールはされプログラム自体は存在しますが、ライセンスがないため実行できないプログラムとなります。

製品一覧

製品 説明
ADME 仮想毒性試験ツール
AutoQSAR QSAR予測モデルの自動生成と解析ツール
BioLuminate バイオ医薬品創出やタンパク質モデリングソフトウェア
Canvas ケモインフォマティックス・コンピューティングの統合環境
CombiGlide リード化合物の探索や最適化のための、コンビナトリアル分子構造生成とコアホッピングツール
ConfGen 効率的な生理活性コンフォメーション探索ソフトウェア
Core Hopping リガンド構造やリガンド?受容体複合体構造に基づいた、リード最適化のための網羅的な母核探索ツール
CovDock 共有結合リガンドの結合ポーズ予測とドッキングスコアを算出するオールインワンのワークフローツール
Desmond 高速分子動力学シミュレーションソフトウェア
e-Pharmacophores エネルギー的に最適化した受容体構造ベースの3Dファーマコフォア生成ツール
Epik 高速で信頼性の高いpKa予測ソフトウェア
FEP+ 新規医薬品創出を目的とした高性能な自由エネルギー摂動計算ソフトウェア
Field-Based QSAR リガンド構造に基づいた定量的構造活性相関による新規リード化合物探索、最適化ツール
Glide リガンド-受容体ドッキングソフトウェア
Impact Glideにて利用されるMD計算ツール
Induced Fit 受容体活性サイト内のインデュースドフィット(誘導適合)を考慮した、正確で高速なドッキング手法
Jaguar 高速ab initio量子化学計算パッケージ
KNIME Extensions ワークフロー自動化とデータ解析を簡単に行うための、柔軟な設定が可能で多彩なモジュールを持つフレームワーク
LigPrep さまざまな用途で利用可能な正確な3D分子モデル生成ツール
MacroModel 多様な研究に対応するフル機能を備えた分子モデリングプログラム
Maestro 汎用分子モデリング環境
MMLIBS Maestroなどで利用されるライブラリ群
OPLS 高精度力場
Phase リガンド構造に基づいたドラッグデザインのための高性能プログラム
PLDB 高い拡張性を持った、タンパク質の三次元構造およびタンパク質?リガンド相互作用のデータベース
Prime 高精度タンパク質構造予測プログラムパッケージ
PrimeX 正確なタンパク質結晶構造リファインメントを行う包括的なパッケージ
Protein Preparation Wizard シミュレーションに適したタンパク質構造の調整を行い、信頼性の高いall-atomのモデル構造を作成するための使いやすいツール
QikProp 医薬品候補化合物探索のための高速ADME特性予測
QM-Polarized Docking Glideの性能とQSiteの正確性を組み合わせた、新しい研究のソリューション
QSite 高速QM/MMプログラム
Shape Screening 分子形状に基づき構造の重ね合わせと類似性検索を行う、高速で効率的なツール
SiteMap 精度と高速性を兼ね備えた実用的なリガンド?受容体結合部位の同定ツール
WaterMap タンパク質のリガンド結合サイトにおける水和構造と、その水分子のエネルギー的な特性の予測ツール

1.3. マニュアル

Maestro起動後にHELP>HELPより確認したい項目のマニュアルを参照ください。