2. 利用方法

2.1. TSUBAMEでの使用方法

2.1.1. インタラクティブ実行

ログインノードは計算ノードとは別構成となっており、ログインノード上でアプリケーションを実行することは想定されておりま せん。
ログイン方法を参考にログインノードにログイ ン後、インタラクティブノードを利用したX転送を 参考にノードをX転送付きで確保して下さい。
以下以降の例では、全て計算ノードにログインした状態で行います。

コマンド実行例

下記の例では、2時間接続で、割り当てノードとしてr0i0n0が割り当てられた場合を想定しております。
割り当てノードはコマンド実行時に空いているノードですので、明示的にノードを指定することはできません。

#qrshの実行
$ qrsh -g [TSUBAME3グループ] -l s_core=1 -l h_rt=2:00:00
Thu Sep 21 08:17:19 JST 2017
r0i0n0:~>

r0i0n0:~> module load matlab/R2017a
# GUIの起動例
r0i0n0:~> matlab
#CUIの起動例
r0i0n0:~> matlab -nodisplay

2.1.2. Univa Grid Engineによるバッチ実行

下記がバッチ実行に使用するシェルスクリプトのテンプレートです。
予めスクリプトファイルであるMファイルを準備して下さい。

シェルスクリプトの例(sample.sh)
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -l f_node=2
#$ -l h_rt=0:30:0

#moduleのロード
. /etc/profile.d/modules.sh
module load matlab/R2017a

#実行したいソフトウェアをバッチモードで実行(AlignMultipleSequencesExample.mが必要)
matlab -nodisplay -r AlignMultipleSequencesExample

以下のコマンドでジョブを投入します。

$ qsub -g [TSUBAME3グループ] sample.sh

2.2. Windowsでの使用

TSUBAME上での起動方法を先に紹介しましたが、TSUBAME上ではなく端末側で起動したほうが問題の発生が抑えられます。
Windowsにインストールする場合は、こちらをご参照下さい。

2.3. ライセンス利用状況の確認

以下のコマンドにより確認を行います。

$ lmutil lmstat -S MLM -c 27014@lice0:27014@remote:27014@t3ldap1